Невский Атриум расположен в историческом центре Санкт-Петербурга на Невском проспекте, недалеко от Казанского Собора и Гранд Отеля Европа.  На первом этаже расположен вестибюль станции метро Маяковская.  Торговый центр имеет два основных входа, расположенных рядом с арками станции метро. Войдя в здание, посетители оказываются в атриуме, пронзающем все этажи центра и освещенном в дневное время естественным образом - купол атриума выполнен из стекла. 
Основное сообщение между этажами Невского Атриума организовано посредством двух панорамных лифтов и эскалаторов, а в центре атриума внимание посетителей привлечет небольшой фонтан.